Die CSU ist nach einer Prognose des Bayerischen Rundfunks mit 38,5 Prozent der Stimmen als stärkste Kraft aus der Europawahl in Bayern hervorgegangen. Die Christsozialen haben demnach ihr Ergebnis von vor fünf Jahren (40,7 Prozent) nicht halten können, ihr Ergebnis von der Landtagswahl 2023 von 37,0 Prozent aber übertroffen. Auf den Plätzen folgen der Prognose zufolge die Grünen mit 12,0 Prozent der Stimmen (2019: 19,1 Prozent) im Freistaat, vor der AfD mit 11,0 Prozent (2019: 8,5 Prozent).
Die Prognose, durchgeführt vom Institut Infratest Dimap im Auftrag des BR, liegt damit in etwa im Bereich dessen, was die jüngsten Umfragen in den Wochen vor dem Wahltag vorausgesagt hatten. Die Prognose ist keine Hochrechnung, sondern basiert auf der Befragung von Wählern nach Abgabe von deren Stimme. Eine erste Hochrechnung, in die erste tatsächliche ausgezählte Stimmen einfließen, wird bis etwa 18.30 Uhr erwartet.
Der Prognose zufolge liegt die SPD auf Rang vier mit 9,0 Prozent (2019: 9,3 Prozent) vor den Freien Wählern mit 7,0 Prozent (2019: 5,3 Prozent). Die FDP (2019: 3,4 Prozent) folgt wie das BSW mit 4,0 Prozent, vor der ÖDP mit 3,9 Prozent (2019: 3,1 Prozent). Die Wahlbeteiligung lag laut Infratest Dimap bei 64 Prozent und damit deutlich höher als 2019 (60,8).